Berdiri dilahan ekstransmigrasi dengan luas 20.000 m2, berlokasi di jalan I.A.P. Darmasih Kampung Arsopura, Distrik Skanto Kabupaten Keerom Propinsi Papua, kurang lebih 50 KM dari kantor pusat pemerintah Kabupaten Keerom dan 170 KM dari Kantor Dinas Pendidikan Propinsi Papua.

Didirikan pada bulan Juli 2000 dengan nama SMA Persiapan Negeri 2 Skanto. Di Negerikan pada 16 Agustus 2004 oleh pemerintah Kabupaten Keerom.

SMA Negeri 2 Skanto saat ini menjalankan kurikulum 2013 dengan 2 program peminatan yaitu program IPA dan IPS, daya tampung 12 rombongan belajar, dengan 20 guru ASN, 1 Guru Kontrak, 10 guru GTT dan diback-up oleh 7 personel Tenaga Administrasi ASN, 2 Cleaning Servis, 1 tenaga security, dan saat ini membina 366 murid.

SMA Negeri 2 Skanto hingga saat ini telah dipimpin oleh 6 kepala sekolah yaitu:

1. Simbrandus Yamlean, SH (2000-2004)
2. Widodo Budi Priyono, S.Pd  (2004-2009)
3. Elia Sanadi, A.Md  (2009-2010)
4. Thadeus Midin, S.Pd  (2010-2015)
5. Siti Daryati, S.Pd., M.Pd  (2015-2017)
6. Mesak Mantek, S.Pd., M.Si  (2017 - Sekarang)